シーンをコードで自動生成して、更に自動的にライトマップを焼く仕組みを作っていたら、下記のエラーが出てライトマップを焼くのに失敗しました。
Could not access TextureImporter at path Assets/StreamingAssets/RoomEditor/Scenes/TestRoom2/day/Lightmap-1_comp_light.exr in the Assets folder.
原因を探ってみると、シーンをStreamingAssets以下に作成していたのが原因でした。StreamingAssetsは通常のUnityのAsset管理とは異なり、ファイルの種類によって自動的にメタデータをつけたりしません。なので、ライトマップとして作成したテクスチャがテクスチャと認識されずにエラーになっていたようです。
Assets以下のフォルダにシーンを作成するようにしたら改善しました。